Es ist ein Mehrspartenmuseum. Neben dem Schwerpunkt regionale Geschichte und Kultur umfasst es ein Naturalienkabinett und eine ethnografische Abteilung (Indonesien) aus dem 19. Jahrhundert. Themen sind daher auch Kolonial- und Museumsgeschichte. Unser Label: «Das (kleine) Universalmuseum». Jährliche Sonderausstellungen, Vortragsprogramm.
Die Dauerausstellung befasst sich mit der erstaunlichen Kurgeschichte Heidens im 19. Jahrhundert, als die europäische Hautevolée zur Sommerfrische und medizinischen Kur in Heiden gastierte. Bekannte Ärzte, bekannte Gäste, fortschrittliche Hotellerie, Kurpark mit Kursaal und Kurorchester, eine eigene Bergbahn – es war eine mondäne Blütezeit!
Das Museum Heiden ist auch Sitz der «Bö Stiftung». Sie widmet sich Carl Böckli (1889-1970), dem epochalen Redaktor und Karikaturisten des «Nebelspalters» von 1927 bis 1960.
2026 wird die Sonderausstellung «Dagegenhalten!» gezeigt. Sie befasst sich mit dem Thema «Totalitarismus und Karikatur».